Naturalne diamenty i syntetyczne diamenty różnią się pod mikroskopem pod wieloma względami. Pierwszą różnicą jest struktura. Naturalne diamenty mają zazwyczaj inkluzje i pęcherzyki powietrza, które powodują nieprzezroczystości, podczas gdy syntetyczne diamenty charakteryzują się bardziej jednolitą strukturą. Kolejną różnicą jest wzór kryształu. Naturalne diamenty, zwane diamentami Cubicznymi, mają charakterystyczne wzory kryształu, podczas gdy syntetyczne diamenty mogą wykazywać mniej regularne wzory. Istnieje również różnica w idealnymi szlifem. Naturalne diamenty mogą zawierać niedoskonałości lub nierówne szlify, natomiast diamenty syntetyczne są zazwyczaj szlifowane precyzyjnie, co sprawia, że wyglądają bardziej perfekcyjnie. Przykładem różnicy pod mikroskopem może być zauważenie inkluzji w naturalnym diamancie, które nie występują w syntetycznym diamentem. Innym przykładem może być bardziej regularny wzór kryształu w syntetycznym diamentem w porównaniu do naturalnego diamentu. Podsumowując, naturalne i syntetyczne diamenty różnią się strukturą, wzorem kryształu oraz szlifem, co można zauważyć pod mikroskopem.